Margareta se rodila oko g. 1291. kao plemićka kći u Danauworthu, u augsburškoj biskupiji. Znamo samo za ime njezina oca. Bio je to Henrik Ebner Mladi. Obitelj je Ebner bila i bogata i ugledna. Margareta je u njoj provela djetinjstvo te već u 14. ili 15. godini ostavila sve i stupila među dominikanke u nedalekom Medingenu. U tom samostanu Svete Marije od g. 1314. do 1326. preboljela je razne bolesti koje su je dovele na rub groba. Zbog rata je svoj samostanski život morala prekinuti pa se vratila u rodnu kuću gdje je zatekla još živu majku te brata i sestre. U kući je proživjela oko dvije godine i to u molitvi, povučenosti i najvećoj sabranosti.
Kad su se prilike smirile, vratila se u samostan. Prvi put se 29. listopada 1332, susrela sa svećenikom Henrikom iz Nordlingena, cijenjenim duhovnim vodom duša. On je bio samo na prolazu kroz Medingen. Poslao joj je god. 1345. knjigu od Mehtilde iz Magdeburga Lux Diuinitatis (Sujetlo Božanstua). Bio je to njemački prijevod te slavne knjige. Margareta je i sama počela praviti duhovne bilješke već tamo od g. 1312., a svećenik Henrik ju je potaknuo da time nastavi. I tako je malo-pomalo nastajao njezin Dnevnik. Uz taj vrijedni dokument mnogo pridonose poznavanju njezine duše i pisma što ih je primala od velečasnog Henrika. Ona opisuju i tadašnje prilike u samostanu i redovnički život uopće. Sačuvan je i odlomak iz jednog Margaretina pisma tome vrijednom svećeniku.
Margareta je bila prokušana mnogim bolestima i drugim patnjama, no unatoč tim križevima ostala je uvijek pobožna, puna ljubavi prema Bogu i bližnjemu, puna neograničenog pouzdanja u Boga i njegovu Providost. Margareti se pripisuje i jedan spis pod naslovom Oče naš. To je zapravo razmatranje o spasenju što nam ga je donio Krist, a dijeli ga po Crkvi i sakramentima. Margareta je ! svojim primjerom i molitvenim vezama zračila daleko izvan svoga samostana. Među takozvanim “Božjim prijateljima” svoga vremena bila je središnja ličnost.
Margareta Ebner bijaše velika patnica i nije joj bilo lako. Tek kad joj je neka “blažena žena – kako sama kaže – progovorila o vrijednosti patnje, prihvatila ju je bezuvjetno u želji da u potpunosti izvrši Božju volju. U tom joj je pomagao njezin prosvijetljeni duhovni voda Henrik iz Nordlingena, čovjek pun iskrene pobožnosti i dobrohotnosti. On joj je napisao 56 pisama, a 8 puta ju je u Medingenu i pohodio. Ta su pisma prva poznata korespondencija na njemačkom jezičnom području.
Margareta je živjela i u teškom razdoblju crkvene povijesti, za vrijeme boravka papa u Avignonu. Ti su pape u političkom pogledu bili često protiv njemačkih interesa, što je Nijemce prilično boljelo. I tako se u Njemačkoj stvorio krug “Božjih prijatelja” u kojem su se nalazili ponajbolji svećenici, redovnici i svjetovnjaci onog vremena. Oni su iskreno tražili ne samo dobro svog naroda, već kudikamo više dobro cijele Crkve. Njima je, zaista, bilo stalo do pravog kršćanskog života. U tom su se krugu, uz druge manje poznate, nalazili i Ivan Tauler te blaženi Henrik Seuse ili Suzo. Svi su oni čuli za Margaretu Ebner, cijenili je i preporučivali joj se u molitve.
Duhovno joj je bio srodan naročito dominikanac Ivan Tauler (1300-1361), prozvan “prosvijetljeni naučitelj”. Cijeli je svoj životni vijek taj redovnik proživio u Strassbourgu. Napisao je prekrasne govore. U jednom svom razmatranju o muci Isusovoj piše “da nam je Gospodin dao svoje probodeno Srce, kako bismo u njemu mogli utanačiti svoje prebivalište sve dok ne postanemo čisti i bez ljage, suobličeni njegovu Srcu. U zamjenu za to on traži za prebivalište naše srce”.
Margareta Ebner, i sama pobožna prema Srcu Isusovu, dala je Isusu u zamjenu svoje srce. Iako je zbog bolesti bila tjelesno veoma krhka, činila je ipak oštru pokoru. Odricala se nekih jela, mesa, ribe, voća i vina te je spavala na tvrdom ležaju. Ona je tako bila prožeta Božjom stvarnošću da joj je pred njom sve drugo izblijedjelo.